叉舌蛙科呈现一单系，科内包含两个亚科：叉舌蛙亚科 Dicroglossinae 和浮蛙亚科 Occidozyginae，该分化得到了系统发育研究的支持，各自成一单系 (Pyron and Wiens, 2011)。本网站目前接受叉舌蛙科内，中国分布有7个属的物种。这7个属的系统发育关系目前已基本解决 (Pyron and Wiens, 2011: Fig. 2)。